Euskal Autonomia Erkidegoko trantsizioko eta itsasertzeko uren ekologia-egoeraren segimendua egiteko sarearen" txosten hau, 2009. urtekoa, 19 kapitulu egituratu da eta gehitu zaio bi sintesi dokumentu ( euskaraz eta gaztelaniaz).

Lehen kapituluan metodologiaren atalak daude jasota (laginketarenak, analisienak nahiz datuen interpretazioenak (aldez aurretiko informazio gehigarria izateko, 2002tik 2008rako txostenak kontsultatu behar dira.) Beste behin ere ohartarazi egin behar da metodologia horiek ez direla behin betikoak, urtero hobetzen baitira. Gainera, azken metodologia ere, Uraren Esparru Zuzentaraua (UEZ) ezartzeko taldeek amaieran gomendatzen dutenaren edo estatuek onartzen dutenaren araberakoa izango da. Horregatik, azterketa horretatik ateratzen diren ekologia-egoeraren emaitzak behin-behinekotzat hartuko dira. Liburuki honen helburua, gure estuario eta itsasertzetan 2009an erabilitako metodologiaren ikuspegi orokorra labur-labur ematea da.

Ondoren, hainbat neurritako 18 kapitulu datoz, 18 ur-masetako bakoitzari dagozkionak (estuarioko 14 eta itsasertzeko 4): trantsizioko eta itsasertzeko uren emaitzak eta 2008ko ekologia-egoeraren kalifikazioa agertzen da horietan.

Aurreko urteetan egoera zehaztu ahal izan ez zen kasu batzuetan (adib.: itsasertzeko makroalgak), urte honetan egin da kalifikazioa. Dena dela, datuak ez dira sartu; aitzitik, kasu bakoitzean aurreko urteari dagokion txostena aipatzen da. Liburuki bakoitzean, EAEn aztertu beharreko ur-masa bakoitzaren ekologia-egoeraren laburpenaren atalak biltzen dira.